Eğer bir populasyon çevre koşulları bakımından uzun süre dengeli olan bir ortamda bulunuyorsa, çok etkili, kararlı ve dengeli bir gen havuzu oluşur. Böylece, dengeli seçilim, var olan gen havuzunun yapısını devam ettirir ve meydana gelebilecek sapmalardan korur. Örneğin, keseliayılar (Opossum) 60 milyon, akrepler (Scorpion) 350 milyon yıldan beri gen havuzlarını hemen hemen sabit tutmuşlardır. Çünkü bulundukları çevrelere her zaman başarılı uyum yapmışlardır.

Dengeli seçilimde, üstteki ve alttaki değerleri (aşırı özellikleri) taşıyan bireyler sürekli elendiği için, populasyon dengedeymiş gibi gözükür, Örneğin, bebeklerde kafatasının, dolayısıyla beynin ve keza vücudun büyüklüğü dengeli seçilimin etkisi altındadır. Belirli bir kafatası ve vücut büyüklüğünün üstünde olanlar, doğum sırasında ananın çatı kemiğinden geçemedikleri için elenirler; çok küçük olanları da uyum yeteneklerini yitirdikleri için elenirler. Böylece, örneğin bebeklerde beyin ve vücut büyüklüğü belirli sınırların içinde kalır. Keza serçelerde de kanat uzunluğu/ vücut ağırlığı oranı, belirli bir sayının altında ve üstünde olanlar yönünde seçilime uğradığı saptanmıştır. Bu nedenle serçelerin belirli bir büyüklükte kalmaları sağlanır. Birçok hayvan grubu için (özellikle vücutlarının ve organlarının büyüklükleri için) bu işleyiş geçerlidir. Bu nedenle bazı hayvan gruplarının kalıtsal olarak neden büyük, bazılarının neden küçük olduğu kısmen açıklanabilir.

Doğal seçilim, etkisini üç farklı şekilde gösterir: Koşullara uyum gösteren fenotipler kararlı kalır (dengelenmiş seçilim), değişik uyuma sahip olanlar arasında sadece başarılı olanlar seçilir (yönlendirilmiş seçilim); değişik uyuma sahip olanlar arasında, iki ya da daha fazla başarılı fenotip seçilir (dallanan seçilim).